Tylko źle zorganizowany system klimatyzacji może zaszkodzić zdrowiu. Przy dobrze zorganizowanym systemie klimatyzacji otoczenie może stać się jedynie zdrowsze.
Wilgotność
Dzięki kontroli wilgotności zahamowany zostaje wzrost drobin kurzu i pleśni. Klimatyzacja utrzymuje wilgotność na poziomie 40 - 60%, co ma pozytywny wpływ na osoby z alergiami.
Wentylacja
Klimatyzacja może mieć zintegrowaną wentylację. Wentylacja mechaniczna jest coraz ważniejsza ze względu na sposób budowania domów w dzisiejszych czasach. Dostarczanie świeżego powietrza zapobiega syndromowi chorego budynku.
Filtrowanie
Wszystkie jednostki wyposażone są w filtr. Rodzaje filtrów mogą się różnić w zależności od typu systemu i potrzeb klienta. Zakres skuteczności filtra: od wyłapywania kurzu i innych cząstek, poprzez pyłki, bakterie, wirusy i nieprzyjemne zapachy, po drobnoustroje i dym.
Ważna jest wymiana filtrów po ustalonym czasie. W przypadku wymiany filtrów za późno powstaje ryzyko, że przesycone zanieczyszczeniami niewymienione filtry zaczną oddawać bakterie do powietrza zamiast je zatrzymywać.
Przeciągi
Odpowiedni dobór mocy urządzeń zapewni, że nie będą tworzyć się przeciągi. To zadanie dla specjalisty i powinno zostać wykonane przez osobę montującą. System o zbyt niskiej wydajności nie będzie w stanie utrzymać żądanej temperatury. System o zbyt wysokiej wydajności będzie powodował przeciągi i wahania temperatur.